ผู้ประกอบการหรือผู้เกี่ยวข้องที่อยู่ในข่ายได้รับการตรวจสอบ มีหน้าที่จัดเก็บและรักษาบัญชีเอกสารหลักฐานและข้อมูลที่เกี่ยวข้องกับการนำของเข้าและส่งของออกไว้ ณ สถานประกอบการหรือสถานที่อื่นที่อธิบดีกำหนดเป็นเวลาไม่น้อยกว่า 5 ปี นับแต่วันที่นำของเข้าหรือส่งของออก

กระทรวงพาณิชย์ได้กำหนดสินค้าที่มีมาตรการนำเข้า ซึ่งต้องขอรับใบอนุญาตจากหน่วยงานที่เกี่ยวข้อง โดยขณะนี้มีอยู่ทั้งสิ้นประมาณ 50 ชนิด ที่จะต้องขออนุญาตนำเข้าจากกระทรวงพาณิชย์ ซึ่งอาจจะเปลี่ยนแปลงได้ตามประกาศของกระทรวงพาณิชย์

ประเภทของเอกสารหลักฐานที่ผู้ประกอบการหรือผู้เกี่ยวข้องที่อยู่ในข่ายได้รับการตรวจสอบจะต้องจัดเก็บ ได้แก่ กรณีผู้นำของเข้า / ผู้ส่งของออก เช่น ใบเสร็จรับเงินค่าภาษีอากร ใบอนุญาตนำเข้า – ส่งออก งบการเงินและเอกสารทางบัญชีทุกประเภท เอกสารการชำระเงินค่าระวาง / ค่าประกันภัย ใบตราส่งสินค้า L/C และ / หรือเอกสารที่เกี่ยวข้องกับการรับ-จ่ายเงิน บัญชีราคาสินค้า Invoice ใบเสนอราคาสินค้า Pro-forma Invoice คำสั่ง / สัญญา / จดหมายโต้ตอบในการซื้อขายสินค้า ข้อตกลงเรื่องลิขสิทธิ์ ค่าสิทธิ Royalty ค่านายหน้า ข้อมูลการตรวจนับหรือลงบัญชีสินค้า รายงานการซื้อ – ขาย / การผลิต / การคำนวณต้นทุนสินค้าและเอกสารจำเป็นอื่นๆ ที่เกี่ยวข้องกับการนำของเข้าหรือส่งของออก

เจ้าหน้าที่ศุลกากรมีอำนาจเข้าไปในสถานประกอบการของผู้ประกอบการที่เกี่ยวข้องกับการนำของเข้าหรือส่งของออกรวมทั้งนำบัญชี เอกสารหลักฐาน และสิ่งของดังกล่าวไปตรวจสอบ ณ ที่ทำการศุลกากร (มาตรา 115 ทวิ แห่ง พ.ร.บ.ศุลกากร พ.ศ. 2469)